5 κοινές χρωστικές για την απεικόνιση και τη χρώση του DNA

01 Βρωμιούχο αιθίδιο

Το βρωμιούχο αιθίδιο είναι πιθανόν η πιο γνωστή βαφή που χρησιμοποιείται για την απεικόνιση του DNA. Μπορεί να χρησιμοποιηθεί στο μίγμα γέλης, το ρυθμιστικό διάλυμα ηλεκτροφόρησης, ή να κηλιδώσει το πήκτωμα μετά την εκτέλεση του. Μόρια της βαφής προσκολλώνται σε ίνες DNA και φθορίζουν υπό υπεριώδες φως, δείχνοντάς σας ακριβώς πού βρίσκονται οι ζώνες εντός του πηκτώματος. Παρά το πλεονέκτημά της, το μειονέκτημα είναι ότι το βρωμιούχο αιθίδιο είναι πιθανό καρκινογόνο, οπότε πρέπει να αντιμετωπιστεί με μεγάλη προσοχή.

02 SYBR Gold

Η χρωστική SYBR Gold μπορεί να χρησιμοποιηθεί για να λεκιάσει διπλό ή μονόκλωνο ϋΝΑ ή να κηλιδώσει RNA. Η SYBR Gold χτύπησε την αγορά ως μια από τις πρώτες εναλλακτικές λύσεις για το βρωμιούχο αιθίδιο και θεωρείται πιο ευαίσθητη. Η χρωστική ουσία εμφανίζει 1000 φορές μεγαλύτερο φθορισμό υπεριώδους ακτινοβολίας μόλις συνδεθεί με νουκλεϊνικά οξέα. Εν συνεχεία διεισδύει πηκτές πηκτής αγαρόζης με παχύ και υψηλό ποσοστό και μπορεί να χρησιμοποιηθεί σε πηκτές φορμαλδεΰδης.

Επειδή ο φθορισμός του μη δεσμευμένου μορίου είναι τόσο χαμηλός, δεν απαιτείται απόχρωση. Οι κάτοχοι άδειας Molecular Probes έχουν επίσης (από την έναρξη του SYBR Gold) αναπτύσσουν και εμπορεύονται SYBR Safe και SYBR Green, οι οποίες αποτελούν ασφαλέστερες εναλλακτικές λύσεις για το βρωμιούχο αιθίδιο.

03 SYBR Πράσινο

Οι λεκέδες SYBR Green I και II (και πάλι, που διατίθενται στο εμπόριο από την Molecular Probes) βελτιστοποιούνται για διαφορετικούς σκοπούς. Επειδή δεσμεύονται στο DNA, εξακολουθούν να θεωρούνται πιθανές μεταλλαξιογόνες ουσίες και γι 'αυτό θα πρέπει να αντιμετωπίζονται με προσοχή. Το SYBR Green I είναι πιο ευαίσθητο για χρήση με δίκλωνο DNA, ενώ το SYBR Green II, από την άλλη πλευρά, είναι καλύτερο για χρήση με μονόκλωνο DNA ή RNA. Όπως και η δημοφιλής χρώση βρωμιούχου αιθιδίου, αυτοί οι εξαιρετικά ευαίσθητοι λεκέδες φθορίζουν υπό υπεριώδες φως.

04 SYBR Ασφαλής

Το SYBR Safe σχεδιάστηκε για να είναι ασφαλέστερη εναλλακτική λύση για το Βρωμιούχο Αιθίδιο και άλλους λεκέδες SYBR. Δεν θεωρείται επικίνδυνο απόβλητο και μπορεί γενικά να απορριφθεί μέσω των συνηθισμένων συστημάτων αποχέτευσης (δηλ. Κάτω από την αποστράγγιση), επειδή οι δοκιμές τοξικότητας δείχνουν ότι δεν υπάρχει οξεία τοξικότητα. Η δοκιμή επίσης δείχνει ότι υπάρχει μικρή ή καθόλου γονιδιοτοξικότητα στα κύτταρα εμβρύου συριακού χάμστερ (SHE), ανθρώπινα λεμφοκύτταρα, κύτταρα λεμφώματος ποντικού και στη δοκιμή AMES. Ο λεκές μπορεί να χρησιμοποιηθεί με ένα διαυγαστηριαστή μπλε-φωτός που προκαλεί λιγότερη βλάβη στο DNA που είναι ορατό και προσφέρει καλύτερη απόδοση για την μεταγενέστερη κλωνοποίηση.

05 Eva Green

Η Eva Green είναι μια πράσινη φθορίζουσα βαφή που έχει βρεθεί ότι αναστέλλει την αλυσιδωτή αντίδραση πολυμεράσης (PCR) σε μικρότερη έκταση από ότι άλλες βαφές. Αυτό το καθιστά πολύ χρήσιμο για εφαρμογές όπως η ποσοτική PCR πραγματικού χρόνου. Είναι επίσης μια καλή επιλογή εάν χρησιμοποιείτε πηκτές χαμηλού σημείου τήξης για την ανάκτηση του DNA. Είναι πολύ σταθερό στις υψηλές θερμοκρασίες και έχει πολύ χαμηλό φθορισμό από μόνο του, αλλά είναι εξαιρετικά φθορίζον όταν συνδέεται με το DNA. Η Eva Green έχει επίσης αποδειχθεί ότι έχει πολύ χαμηλή ή καθόλου κυτταροτοξικότητα ή μεταλλαξιογένεση.